Προέρχονται από τη διαφοροποίηση του εμβρύου και μπορεί να είναι μία, δύο ή και περισσότερες, όπως στα γυμνόσπερμα.
Έχουν διαφορετική σημασία για το κάθε είδος φυτού.
Υπάρχουν φυτά που στα[GLi]σπέρματά τους δεν έχουν κανένα θρεπτικό ιστό (σπέρμα χωρίς ενδοσπέρμιο) και αποταμιεύουν τις θρεπτικές ουσίες, που είναι απαραίτητες για τη βλάστηση και ανάπτυξη του φυτώριου, υδατάνθρακες, πρωτεΐνες και λίπη σε αυτό το ίδιο το έμβρυο και κυρίως στις κοτυληδόνες. Παράδειγμα είναι τα όσπρια, τα καρύδια, τα κάστανα που έχουν παχιές κοτυληδόνες, ώστε να γεμίζουν όλο το σπέρμα.
Σε άλλα φυτά, που έχουν στα σπέρματά τους ενδοσπέρμιο, π.χ. τα σιτηρά, οι κοτυληδόνες αποταμιεύουν τις θρεπτικές ουσίες κατά το φύτρωμα. Τέλος, σε άλλα φυτά, όπως στη ρετσινολαδιά, οι κοτυληδόνες αυξάνονται, πρασινίζουν, φωτοσυνθέτουν και γενικά συμπεριφέρονται ως κανονικά αρχικά φύλλα.
Κατά τη βλάστηση του σπέρματος οι κοτυληδόνες ή έρχονται πάνω από το έδαφος (υπέργεια βλάστηση), όπως[GLi]στη ρετσινολαδιά, οξιά κ.α., ή μένουν μέσα στο έδαφος (υπόγεια βλάστηση), όπως στη δρυ. Ιδιαίτερη περίπτωση αποτελούν τα σιτηρά, όπου η μοναδική κοτυληδόνα διαφοροποιείται σε ένα απομυζητικό όργανο που παραμένει στο σπέρμα και περιβάλλει το φυτώριο (κολεόπτιλο).
