Το όνομα «Καραϊσκάκης» είναι το υποκοριστικό του «Καραΐσκος».
Η μητέρα του ήταν αδελφή του Κώστα Διμισκή. Πατέρας του πιθανότατα ήταν ο αρματολός Δημ. Ίσκος, που τον επονόμαζαν Καραΐσκο. Ήταν γνωστός και ως «παιδί της Καλογριάς», γιατί η μάνα του[GLi]ήταν καλόγρια όταν τον γέννησε.
Γεννήθηκε σε μια σπηλιά, κοντά στο μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου, στο χωριό Μαυρομάτι της Καρδίτσας.
Τα πρώτα του χρόνια τα πέρασε πολύ δύσκολα, αποδιωγμένος από όλους.
Νεαρός έπεσε στα χέρια του Αλή πασά των Ιωαννίνων και φυλακίστηκε.
Το 1798 ακολούθησε με το ψευδώνυμο Καραλής τον Αλή πασά στο Βιδίνιο εναντίον του πασά Πασβάνογλου.
Στην εκστρατεία αυτή ο Καραϊσκάκης αιχμαλωτίστηκε από τις δυνάμεις του Πασβάνογλου, ο οποίος τον κράτησε για λίγο καιρό και μετά τον άφησε ελεύθερο.
Έτσι ξαναβρέθηκε στην υπηρεσία του Αλή πασά.
Η τόλμη του, η ευστροφία του και η τιμιότητά του τον έκαναν να διακριθεί πολύ γρήγορα. Στα χρόνια αυτά παντρεύτηκε την Γκόλφω, από την οικογένεια των Ψαρογιανναίων, και απέκτησε την πρώτη του κόρη.
Για λίγο χρονικό διάστημα τον βρίσκουμε κλέφτη στο λημέρι του ξακουστού Κατσαντώνη, όπου κατέφυγε μετά από έναν καβγά με τον Αλή. Όταν οι Κατσαντωναίοι εξοντώθηκαν, ο Καραϊσκάκης ξαναγύρισε στα Ιωάννινα, συγχωρέθηκε από τον Αλή και μπήκε πάλι στην υπηρεσία του.
Στο διάστημα αυτό παρουσιάστηκαν πολύ έκδηλα τα συμπτώματα της φυματίωσης.
Σε όλη τη ζωή υπέφερε από τη φοβερή αυτή αρρώστια.
Όταν τα σουλτανικά στρατεύματα πολιορκούσαν τον επαναστάτη Αλή πασά (1820), ο Καραϊσκάκης πολεμούσε με το μέρος του αφέντη του, κατόπιν προσχώρησε στους πολιορκητές, αλλά γρήγορα τους εγκατέλειψε. [GLi] Είχε μυηθεί στο μεταξύ στη Φιλική Εταιρεία και όταν ξέσπασε η Επανάσταση προσπάθησε να εξεγείρει την περιοχή της Βόνιτσας. Η προσπάθειά του αυτή απέτυχε. Ύψωσε τη σημαία της Επανάστασης στα Τζουμέρκα και κατόπιν τον βρίσκουμε στο Μακρυνόρος, όπου πήρε μέρος σε πολλές μάχες και μάλιστα τραυματίστηκε.
Στο τέλος του 1821 έγινε καπετάνιος στο αρματολίκι των Αγράφων.
Κράτησε τους Τούρκους μακριά από την περιοχή των Αγράφων, όταν άρχισε η τουρκική εισβολή στη Δυτική Ελλάδα, και υποσχόταν στους οπλαρχηγούς της Δυτικής Στερεάς Ελλάδας να τους στείλει στρατιωτική βοήθεια σε περίπτωση ανάγκης.
Τον Ιανουάριο του 1823 ο Καραϊσκάκης με χίλιους άντρες έδωσε πεισματώδη μάχη κατά των Τούρκων του Κιουταχή και του Ομέρ Βρυώνη σε μια οχυρή διάβαση κοντά στον Άγιο Βλάση της Ευρυτανίας.
Στις αρχές του 1824 ο Καραϊσκάκης ήρθε σε σύγκρουση με τον Αλ. Μαυροκορδάτο, που ήταν τότε πανίσχυρος στη Δυτική Στερεά Ελλάδα.
Κηρύχτηκε ένοχος εσχάτης προδοσίας, στερήθηκε από τους βαθμούς και τα αξιώματά του και διατάχτηκε να εγκαταλείψει το Αιτωλικό (2 Απριλίου 1824). Μετά από πολλές προσπάθειες που έκανε[GLi]ο Καραϊσκάκης να ξαναπάρει την αρχηγία των Αγράφων, κατέφυγε στην κυβέρνηση του Ναυπλίου και αναγνωρίστηκε αρχηγός της μισής περιοχής των Αγράφων, ενώ η άλλη μισή έμεινε στο Ράγκο.
Ο Καραϊσκάκης είχε αποκτήσει το σεβασμό και τη συμπάθεια των οπλαρχηγών του ελληνικού στρατοπέδου της Άμφισσας, οι οποίοι τον εξέλεξαν στρατοπεδάρχη με απόλυτη εξουσία.
Στα τέλη του 1824 ο Καραϊσκάκης πήρε μέρος στο δεύτερο εμφύλιο πόλεμο εναντίον των Ζαΐμη, Λόντου και Νικηταρά.
Μετά το τέλος του εμφύλιου πολέμου ο Καραϊσκάκης επέστρεψε στη Στερεά Ελλάδα.
Από το καλοκαίρι του 1825 ως τον Απρίλιο του 1826, την εποχή της ηρωικής εξόδου του Μεσολογγίου, ο Καραϊσκάκης ανέπτυξε την πιο μεγάλη πολεμική του δραστηριότητα. Πρόσβαλε τα στρατεύματα του Κιουταχή που πολιορκούσαν το Μεσολόγγι και χτύπησε τους Τούρκους στα Άγραφα, στην επαρχία του Βάλτου και τον Αστακό της Ακαρνανίας. Μετά την πτώση του Μεσολογγίου η κατάσταση ήταν πάρα πολύ κρίσιμη και η Επανάσταση κινδύνευε να σβήσει.
Ο Καραϊσκάκης ζήτησε από τη «Διοικητική Επιτροπή» να αναλάβει αυτός τη διεύθυνση του πολέμου στη Στερεά Ελλάδα.
Πραγματικά, ο Αλ. Zαΐμης, πρόεδρος τότε της Διοικητικής Επιτροπής, ονόμασε τον Καραϊσκάκη Αρχιστράτηγο της Στερεάς και του υποσχέθηκε να τον ενισχύσει με χρήματα και πολεμοφόδια.
Στο μεταξύ στην Αττική είχαν εισβάλει ο Ομέρ πασάς της Καρύστου και ο Κιουταχής.
Ο Καραϊσκάκης εγκατέστησε γενικό στρατόπεδο στην Ελευσίνα και πήγε στη Στερεά (25 Οκτωβρίου 1826). Μετά από τις πρώτες του νίκες στη Δόβραινα και το Δίστομο, οχυρώθηκε στην Αράχοβα, γύρω από την οποία έδωσε ονομαστές μάχες (από τις 19 ως τις 24 Νοεμβρίου) ενάντια στις δυνάμεις του Κεχαγιάμπεη.
Νίκησε τους Τούρκους στο Τουρκοχώρι και ανάγκασε τον Ομέρ της Εύβοιας να παραιτηθεί από τον αγώνα στην Αττική.
Έτσι ο Κιουταχής από τη θέση του πολιορκητή στην Αθήνα βρέθηκε στη θέση του πολιορκημένου.
Ο Καραϊσκάκης κινήθηκε για την απελευθέρωση της Αθήνας.
Για ενίσχυσή του έφτασαν δυνάμεις από την Πελοπόννησο με αρχηγούς το Γενναίο Κολοκοτρώνη, τους Πετμεζάδες, το Σισίνη κ.ά. Επίσης ήρθαν ο ναύαρχος Κόχραν και ο στρατηγός Τζορτζ. Με τους δύο τελευταίους ο Καραϊσκάκης διαφώνησε, επειδή πρότεινε σχέδιο επίθεσης κατά του Κιουταχή ανάλογο με το σχέδιο που εφάρμοσε ο Κολοκοτρώνης κατά του Δράμαλη.
Η κυβέρνηση, επειδή πιεζόταν από τους ξένους αρχηγούς, εγκατέλειψε το σχέδιο του Καραϊσκάκη και η επίθεση αποφασίστηκε να γίνει από την ανοιχτή πεδιάδα του Φαλήρου.
Ημέρα της επίθεσης ορίστηκε η 23η Απριλίου 1827.
Την παραμονή σε συμπλοκή κοντά στο Φάληρο πληγώθηκε θανάσιμα ο Καραϊσκάκης και μεταφέρθηκε στο πλοίο του Τζορτζ, όπου και ξεψύχησε την επομένη.
Προτού πεθάνει υπαγόρευσε τη διαθήκη του και ζήτησε να τον θάψουν στη Σαλαμίνα.
Ολόκληρη η Ελλάδα έκλαψε τον ήρωα.
Μετά το θάνατό του οι επιχειρήσεις κατά των Τούρκων εξελίχτηκαν σε καταστροφή για τους Έλληνες και σταδιακά το στρατόπεδο διαλύθηκε.
Οι μετέπειτα ελληνικές κυβερνήσεις αναγνώρισαν τον Καραϊσκάκη ως έναν από τους μεγαλύτερους στρατηγούς του Αγώνα.